Un 2012 de Python científico

Primero de todo, lo más importante, ¡¡¡ha nacido Pybonacci!!!! Un blog dedicado a hablar del uso de Python en el ámbito científico y en español. Si no lo conocéis aún, podéis visitarlo en http://pybonacci.org 🙂

  • Blog (+Twitter, +Fb, +G+) nacido en marzo de 2012
  • Más de 60 artículos publicados
  • Más de 30.000 visitas recibidas
  • Tres autores (esperamos que aumenten en el 2013)
  • Más de 2000 tuits

Venga, hablando en serio, os resumo lo que ha sido este año. Primero veamos las novedades de la base de lo que es Python en el entorno científico, la trinidad: NumPy, matplotlib y SciPy:
NUMPY

MATPLOTLIB

SCIPY

  • Ha salido la versión 0.11 que también es compatible con Python 3.2. Se ha incluido un submódulo dentro de scipy.sparse, se han introducido mejoras en scipy.optimize, scipy.linalg, scipy.interpolate, …

Los tres proyectos se han movido a GitHub, junto con otros, y el desarrollo ha crecido exponencialmente. ¡¡Esto son buenas noticias!!

El creador de numpy, Travis Oliphant, ha creado Continuum que están dando un gran espaldarazo a la comunidad científica creando una serie de herramientas que son más que interesantes y que durante el 2013 darán mucho que hablar. Blaze, por ejemplo, acaba de recibir una inversión de $3.000.000 por parte de la DARPA. numba parece algo excitante para gente que necesita acelerar sus cálculos, y de hecho en Pybonacci puedes leer nuestro artículo sobre numba.
Siguiendo con otras herramientas:
IPYTHON
Sin duda, este ha sido un año muy importante para IPython:

  • Ha salido la versión 0.13 siendo totalmente funcional con Python 3.
  • Su notebook está revolucionando el modo de crear ciencia (entre otras cosas) y se esperan muchísimas novedades para el 2013 como introducir gráficos interactivos con flot o D3 <modo pataleta ON>¿por qué solo existe JS para el navegador? No quiero aprender JS para hacer esas cosas tan chulas que se hacen con JS en el navegador<modo pataleta OFF>.

¿Que aun no has probado IPython? Lo puedes probar online desde PythonAnywhere. Puedes leer nuestra introducción a IPython o nuestro artículo sobre el notebook de IPython.
PANDAS
Pandas se está mostrando muy capaz para añadir cosas que existen en R y que Python no tenía como el DataFrame.

  • Esta semana ha salido la versión 0.10, también compatible con Python 3 (por lo menos hasta 3.2, 3.3 no estoy muy seguro).
  • Se ha publicado un libro en O’Reilly donde se da buena cuenta de la librería además de mostrar el uso de Python como herramienta de análisis de datos.

SYMPY
La biblioteca para cálculo simbólico también pasa por un buen momento. Para mí ha sido un descubrimiento de este año, después de no tocar cosas de estas desde mis estudios usando, en aquellos momentos, los inefables maple o mathematica.

¿Has leído ya nuestra introducción a SymPy o nuestro tutorial sobre cómo calcular límites, derivadas, series e integrales con SymPy?
CONFERENCIAS
Ha habido muchas este año y parece que va en aumento el interés por hacer más:

  • La presencia de la rama científica de Python en la PyCon US de este año ha sido muy notable.
  • Este año se ha alcanzado la 11ª SciPy en los EEUU, la 5ª EuroScipy y la 3ª Scipy.in.
  • Se han organizado dos talleres sobre Python en el ámbito del «big data» (nueva «buzzword»), uno hospedado por Google en su sede de Mountain View y otro en NY que, por lo visto, ha sido un tremendo éxito.
  • Existen conferencias más focalizadas que ya empiezan a ser «veteranas» como la que organiza la American Meteorological Society, o la pyHPC, …
  • Habrá una PyData dentro de la PyCon US del 2013.

En Pybonacci hemos hecho resúmenes o listados de vídeos de muchas de estas conferencias: puedes leer por ejemplo nuestro repaso a la EuroSciPy 2012 o la recopilación de vídeos del PyData NYC, entre otros 🙂
Libros
Este ha sido un año de gran proliferación de libros hablando sobre bibliotecas del ecosistema científico pythonico:

Otras historias

  • Se ha creado la fundación NumFocus con el propósito de promocionar el uso de cálculos accesibles y reproducibles en entornos científicos y tecnológicos.
  • Salen cosas nuevas interesantes como Julia, de las que se pueden aprender cosas nuevas.
  • La velocidad del lenguaje resulta crítica en ciertos momentos y, por suerte, tenemos herramientas que permiten seguir disfrutando de la simplicidad de la sintaxis de Python con velocidades cercanas a Fortran y/o C como cython, theano, numpypy, numexpr, el ya citado numba, mypy (algunas muy experimentales y que ya veremos en qué acaban).
  • Este año ha habido una explosión de cursos online de todo tipo (Coursera, Khan Academy, Udacity, edX, …) y en muchos de ellos se ha elegido Python para dar las lecciones.
  • También, páginas más dedicadas a programación como Codeacademy han empezado a incluir Python entre sus cursos.
  • Herramientas como SAGE, Python(x,y), WinPython, Spyder, ETS, … están ahí para ayudar a que cualquiera se pueda iniciar en el cálculo científico con Python y siguen evolucionando formidablemente.
  • Python es el lenguaje más ampliamente usado en el mundo GIS pudiendo hacer cualquier cosa dentro o fuera de paquetes como arcGIS o Qgis.

2013
Parece que el 2013 será un buen año para Python. Aparte de los grandes paquetes, hay tantas cosas que conocer, revisar, de las que hablar, picar código, … AYUDADNOS:
Hay muchos scikits pululando, incluyendo scikit-aero, milk, algorithms, pyMVPA, PyParticles, Fiona, AstroML, PyCogentPyMC, friture, PySpread, Kartograph,   Chaco, PETSc, SunPy, python-graph, pysph, databrewery, networkX, patsy, PyTables, Mayavi, Assimulo, Basemap, Biopython, Blender-mathutils, Blist, Bottleneck, Carray, CellCognition, CellProfiler, CGAL-Python, CVXOPT, Delny, Dipy, Ffnet, FiPy, GDAL, H5py, LibLAS, LIBLINEAR, libSBML, LIBSVM, Libtfr, Lmfit, MDP, MeshPy, mmLib, MMTK, Natgrid, NetCDF4, NIPY, NLopt, NLTK, nMOLDYN, ODE, OpenCV, Orange, Polygon, PsychoPy, PyAMG, PyBox2D, PyEphem, PyFFTW, PyFITS, pyFLTK, PyHDF, PyMix, PyMOL, Pymutt, PyMVPA, Pyproj, PySparse, Pyspharm, PyTST, PyWavelets, PyWCS, QuantLib, Rtree, SfePy, Shapely, Veusz, VIGRA, VisionEgg, Visvis, ViTables, vLFD, VPython, VTK, …
Pensamientos finales (y puntos negativos)
Parece que el «núcleo duro» de ciencia con Python ya ha portado a Python 3, ¿y tú? Este es uno de mis primeros deberes para el 2013.
Por otra parte, siempre hemos de ser críticos para mejorar. En este sentido, la mayor crítica (autocrítica también) que encuentro es que el mundo hispano está muy poco representado, salvo honrosísimas excepciones como Fernando Pérez, Francesc Alted, Sebastian Bassi, … Y, por lo menos en España, parece que seguimos anclados en el lapidario ¡que inventen ellos! de Unamuno.
Como parte negativa de Pybonacci habría que nombrar el sesgo del blog debido a la formación de sus autores. Ninguno somos expertos en biología, finanzas, química,…, y algunos temas están mal representados. Pero eso tiene fácil solución, esperamos vuestras aportaciones 😛
Y, por mi parte, me despido hasta el año que viene. Espero que tengáis una excelente entrada en el 2013.

6 pensamientos sobre “Un 2012 de Python científico”

  1. Kiko, me ha encandado tu resumen. Como sobre Python poco puedo añadir, me gustaría hacer un pequeño comentario personal acerca de lo que ha significado para mí este blog. Así echo la parte sentimental ahora, y cuando el blog cumpla el añito, cambiamos el diseño o hacemos algo guay, yo qué sé 🙂
    No recuerdo muy bien cuándo o por qué escribí mi primera línea en Python (aunque sí puedo imaginar por quién), igual que tampoco puedo recordar cómo empecé con Linux, el software libre y todas estas zarandajas. Ha sido divertido tratar de compartir esto con personas de generaciones anteriores a la mía:
    —¿Qué haces?
    —Estoy escribiendo un programa que hace esto y lo otro.
    —¿Y lo vas a patentar?
    —No jope, ¡es libre! Cualquiera lo puede utilizar o mejorar. Lo voy a colgar gratis aquí.
    —Bueno, ya sabes que a mí eso del «todo gratis» no me va…
    Pero creo que poco a poco me voy haciendo entender.
    Este mundo me ha absorbido por completo. Son muchísimas horas leyendo, navegando y leyendo más. En diciembre de 2011 empecé algo parecido a este blog pero a mucha menor escala, en enero conocí a la gente de Python Madrid que me hizo sentir como en casa y en marzo empecé este proyecto con Kiko y Daπid. Aún me acuerdo cómo, mientras el profesor explicaba algo en clase un lunes por la mañana, yo registré el blog furtivamente desde el portátil. ¡Estaba tan excitado!
    Todo esto me pilló en una época un poco rara y difícil de mi vida. De la parte difícil he salido ya, pero de la parte rara todavía no, no sé si eso es buena señal 😛
    El hecho de poder trabajar codo con codo con gente que sabe tantísimo y haber tenido la oportunidad de difundir mi pasión a los cuatro vientos y de conocer a gente que la comparte ha tenido un valor infinito para mí, y me ha aportado centenares de cosas que no creo que sea capaz de agradecer lo suficiente. Ojalá pueda seguir creciendo como persona en esta comunidad por muchos años, y siga teniendo ganas de trabajar duro y de aportar mi granito de arena a Python y al Software Libre (con mayúsculas).
    De acuerdo, tal vez no fue tan pequeño el comentario… no os enfadéis, que es Navidad 🙂
    Muchísimas gracias a todos de corazón, a este lado del charco y al otro. Un abrazo muy fuerte y feliz 2013.
    Juanlu

  2. Pingback: Un 2012 de Python científico | Python-es | Scoop.it

  3. Buenas. Ya he visto brython. Es el hype de las últimas semanas. No sé que tal irá. Estas cosas junto con otras como dart, coffeescript, parecen apuntar a que la gente quiere alternativas a js pero no creo que nada cambie en el medio plazo.

  4. Mis felicitaciones a Pybonacci!!!
    Si ya sé, esto es de hace un tiempito, pero yo ando hurgando los cajones jejeje. No recuerdo como llegué aquí, lástima porque quería agradecerle al byte que me trajo. Yo también me he enganchado con la filosofía del Software Libre y considero que es de suma importancia, ¡el conocimientos es de todos! y encima muchas alternativas libres son mas eficientes. Python no se como lo encontré/me encontró, tal ves por culpa de Blender 🙂 (que al final nunca lo use realmente, sigue en la lista de “que aceres”)… Veo que están abierto a nuevos autores, a mi me gustaría poder aportar en un futuro cercano, tal ves pueda darle un enfoque desde la ingeniería química (mi capacitación formal), no creo que sea en este 2013 pero tal ves en el 2014… Saludos desde -por ahora- Argentina…

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